1972년, 이타즈케에 있던 미 공군 기지 학교가 폐쇄됨에 따라 후쿠오카 국제학교가 설립되었습니다. 일본 침례교 선교회가 제공한 부지와 건물을 초기에 활용하며, 일본에 거주하는 외국인 및 이중 국적자들을 지원하기 위해 설립되었습니다.

1974년,FIS는 JCIS (일본 국제학교 협의회)의 회원으로 가입했습니다.

1987년, FIS는 EARCOS (동아시아 해외학교협의회)의 회원교가 되었습니다.

1988년, 일본 내 외국인 인구 증가와 교육 수요 확대로 인해 FIS의 시설이 더 이상 수용 능력을 감당하지 못하게 되었습니다. 이에 규슈 지역에 더 규모가 크고 수준 높은 국제학교를 설립하기 위해 60여 개의 정부 및 시민 단체로 구성된 ‘후쿠오카 국제학교 설립 위원회’가 결성되었습니다.

1990년, 지역 사회의 기부금 덕분에 FIS는 모모치(현재도 운영 중인 바로 그 장소)에 새로운 학교 시설을 개교했습니다.

2003년, FIS는 시설을 더욱 확장하여 본교 캠퍼스에서 바로 근처에 미술·음악 센터(및 추가 교실)를 개관했습니다. 오늘날 이 건물은 여전히 FIS의 제2 캠퍼스로 사용되고 있으며, 독특한 건축 디자인 덕분에 ‘더 애넥스(The Annex)’라고 불리고 있습니다!

2007년,FIS는 학생 중심의 교육 방식과 수준 높은 교육 프로그램을 인정받아 WASC (서부 학교 및 대학 협회)로부터 인증을 획득했습니다. 같은 해, FIS는 국제 바칼로레아(IB) 디플로마 과정을 개설할 수 있는 승인을 받았으며, 이 디플로마는 이후 수많은 FIS 졸업생들이 전 세계적으로 명성이 높은 대학들에 진학하는 데 큰 도움이 되었습니다.

2012년,학생들의 학습을 보다 효과적으로 지원하기 위해 언어 발달 팀이구성되었습니다.

2014년,본교는 국제바칼로레아 초등 과정(IB PYP)을 운영할 수 있는 정식 인가를 받았습니다.

2020년, 본교는 국제바칼로레아 중등 과정(IB MYP)을 운영할 수 있는 정식 승인을 받았으며, 이로써 FIS는 규슈 지역에서 세 가지 IB 프로그램을 모두 운영하는 최초의 학교가 되었습니다.